Фома родился 25 января 1225 года в замке Рокказекка близ Неаполя и был седьмым сыном графа Ландольфа Аквинского. Мать Фомы Теодора происходила из богатого неаполитанского рода. Отец мечтал, чтобы он со временем стал аббатом бенедиктинской обители Монтекассино, расположенной неподалеку от их родового замка. В 1239-1243 годах учился в университете Неаполя. Там он сблизился с доминиканцами и решил вступить в доминиканский орден. Однако семья воспротивилась его решению, и его братья заточили Фому на 2 года в крепости Сан-Джовани. Обретя свободу в 1245 году, он принял монашеские обеты Доминиканского ордена и отправился в Парижский университет. Там Аквинат стал учеником Альберта Великого. В 1248–1250 Фома учился в Кельнском университете, куда переехал вслед за своим учителем.